Está organizado en tres ejes: básico, investigativo y complementario.

El básico estudia las relaciones más frecuentes entre teoría social y sociedad. El objetivo de sus seminarios consiste en analizar los conceptos filosóficos predominantes en las ciencias sociales contemporáneas; los usos arqueológicos que han sido construidos entre conceptos y formulación de problemas sociales; y, tercero, los usos genealógicos junto con las prácticas del poder históricamente amarradas a dichos usos. El eje investigativo se mueve en función de las relaciones preponderantes entre epistemología y sociedad. Sus seminarios, talleres de investigación y tutorías tienen como propósito vincular a los estudiantes a una de las líneas de investigación de la Maestría para que, desde el primer semestre, participen en las actividades de la misma y desarrollen sus proyectos de grado. El complementario aboca los principales debates entre conocimiento y sociedad. Sus cátedras tienen por finalidad la participación en las discusiones actuales sobre las problemáticas sociales más relevantes, llevadas a cabo por grupos y redes de investigadores nacionales y latinoamericanas.

La Maestría cuenta con una amplia oferta de seminarios, talleres de investigación y tutorías a cargo de investigadores nacionales e internacionales vinculados al IESCO-UC. Igualmente, con una amplia gama de cátedras provenientes de la plataforma del Campus Virtual de Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (CLACSO).